当我们正式开始修法时，首先要皈依三宝，而本尊时轮金刚即是一切佛、法、僧三宝之本质。在「俱生时轮金刚修持仪轨」第一页第一行中说：我皈依佛法僧三宝，以及纯净自生之时轮金刚本尊。皈依的时间是从现在起直至我成佛为止。第二步是发起菩提心，愿我们一切众生而成佛，因此目的所以我要来修持这个时轮金刚法。
　　上述皈依三宝、本尊舆发菩提心要念诵三次。

观空

　　接着净化一切自他能所之现象界，以生起此修法纯净之地基。一切存在之现象尽无余地化空，无禅修、禅修者，亦无禅修之对象；万法非存亦非不存，因无法舆非法，故无所谓修舆修者。然後持诵观空咒：「OM SHUNYATA JANA BENZA SOBHAWA AYMA KO HANG」。一切主客现象均为空性，然此空性并非虚无，而是一切诸佛之特质。

正行——观想本尊佛父母与坛城之生起次第

　　首先观想风、火、水、地四大显现，一一垒叠，其上为诸山之王——须弥山；山上有莲花、月、日以及劫火。为何需要观想上述之风、火、水、地四大舆须弥山、莲花、月、日、劫火等物？因为宇宙一切不净之客体，其本质均为本尊时轮金刚，是以我们观想这些法界中较重要之物使成为宝座般，然後自观为时轮金刚端坐其上。

　　一般而言，时轮金刚有三种不同的坛城形式。第一种较为复杂，是许多本尊围绕中央之时轮金刚；第二种是时轮九尊於一坛城中；另一种最为简要，只需观本尊时轮金刚与佛母拥抱即可。

　　我们现在即观修此第三种时轮金刚，蓝色身，一面三眼；蓝色表是一切现象皆为空性，一面表示不变之法界舆究竟实相，三眼表示本尊知过去、现在、未来三世之智慧。本尊双手持金刚铃、金刚杵表示方便、智慧双运无二无别。本尊时轮金刚身体放射出纯净、无暇之五色光，表示无懈地持续诸佛度众之事业；本尊与佛母双运表示空乐不二。为表本尊为三世诸佛之事业所化现，故其身体之手指等部位均为五色（姆指黄色……）；顶戴珠宝之冠象徵其上师金刚萨埵。其发向上结髻，中央有一满愿珠；发髻以半月为庄严，并用金刚庄严为饰，身穿虎皮衣。
　　本尊站立，左脚白色稍向内弯，踩着白色大自在天，右脚红色向外伸，踏在红色欲天之上；大自在天白色表无明愚痴、欲天红色表贪欲之本质，此二者乃轮迥之根源；时轮金刚本尊降伏此并踏在二魔之心口，二魔背向下面向上仰，毫无武装地投降、完全被本尊降伏。本尊在五色火焰中、呈寂静忿怒姿。

　　接着观想佛母，佛母名为遍入天女（法界之母），为过去、未来三世诸佛之母，身黄色，一面二臂三眼，着半月形之虎皮裙，右拿弯刀、左手持头盖杯（噶巴拉），身赤裸、以骨饰庄严，一半的头发垂下、另一半向上结髻，右腿缠勾佛父，呈佛父母双运姿，左脚伸直外伸，同於佛父，拥抱着佛父。

　　时轮金刚佛父母均为一切六方佛族所化现，佛父母额上皆有白色OM字，喉有红色AH字表记，心以蓝色HUM字表记，脐有黄色HO，顶上以绿色HUNG字表记，密处有蓝色CHA；上述诸字即是六方佛族象徵之种子咒字。

正行——观想咒轮、持咒、生起本尊佛慢

　　然後，观想在佛父心中有本尊心咒：「OM HUNG CHA MALA WA RA YA SOHA」站立（时轮金刚之种子字文HUM字），表一切轮回、涅盘之现象的精髄无二。（我们可藉助此咒鬘之唐卡使我们易观想。）我们持咒时需要观想此时轮金刚之心咒放无量光至十方，使全宇宙净化成本尊宫殿、众生完全被净化，十分快乐并转化成时轮金刚本尊。

　　我们并且观想一切显相均成为本尊坛城、一切声音皆为本尊心咒、一切念头皆为本尊三摩地。这就是修法中最重要的部份：将我们一切所见都转化成本尊身形、一切听到的声音都是本尊咒音、一切心中生起的念头、想法皆为本尊禅境与智慧，将这一切都应用、转化成净观。

　　同时了知，这一切法界的显现都是空性本质的，此即空性与显相（明）的双运；一切声音亦为空性，一切所听闻到的皆为空性与音声之双运；一切心中生起之念头，皆为空乐无二双运。心中生起一切念头的同时，我们均以之为乐。关於种种体验与念头的最後部份是，无论生起什麽念头，我们均持续地自其中自在解脱、离於一切概念。应如此思惟而持咒。

　　但那并不是说当我们使用一条毛巾时，便将毛巾直接想做是本尊，如果那样的话一定会疯了；我们视一切现象皆为本尊的原因是本尊并非某种实存的身形，反之，明空无二双运即是真正本尊身形显现，而此空性乃一切现象之本质，故我们视一切现象皆是本尊。至於一切我们所听闻的声音并非实存，其本质亦为空性，由空性中出生一切音声；思惟、念头亦同。这是一种圆满的意义：空性并不意谓着盲目，而是自空性中可以化现念头等万事万物。因此当我们谈到本尊佛慢时，那并非一般之傲慢，而是对於空性的正确了解。

结行——化光之圆满次第

　　观想本尊的正行禅修後是融化之阶段，此乃仪轨之圆满次第。首先将生起次第中，由一切情器所化现之坛城其中的一切，融入佛父母之中，本尊佛父母再化入心咒中，最後连心咒亦化空，将自心置於此无执之境界愈久愈好，然後由空性中自己再度化现成单身无佛母之时轮金刚本尊。

回向

　　回向一切因修习此法所积聚之功德，祈愿我得於未来一切时中成为时轮金刚之弟子。（当然也可以回向往生弥陀净上，因为阿弥陀佛是莲花部本质，而时轮金刚即是一切六佛部主之本质。）
　　如果能够於每日早、晚修持此仪轨将会很好。

　　问：可否请仁波切教授时轮金刚的手印？
　　答：并没有一种所谓时轮金刚的手印，真正的手印是明空双运。